一、办公室
1、协助局领导组织协调局机关日常工作，组织建立、实施机关规章制度；
2、负责局党委会、局务会、局长办公会议的组织、记录及会议纪要的整理、印发；
3、负责公文处理工作，起草或组织有关处室起草综合性文稿；
4、负责局机关文书档案和工程建设项目档案的管理工作；
5、负责局机关及局属单位的编制、人事、劳动工资、教育培训工作；
6、负责外事管理工作；
7、负责重要公务接待和一类综合性会议的组织安排工作；
8、负责宣传工作，组织协调重大宣传活动；
9、负责机关政务公开工作，做好政务信息工作，具体承办《南水北调动态》、《每周要情》和《内部情况通知》的编辑和印发工作，牵头做好《山东南水北调网》的更新工作；
10、负责年鉴、史志编纂工作，组织汇编年鉴、史志资料；
11、负责组织落实人大、政协代表建议和提案的答复工作；
12、负责党建、群团组织管理工作，负责指导、组织、协调局属单位的党建、群团工作；
13、负责组织协调信访工作；
14、负责保密工作，负责印章的管理和使用工作；
15、负责机关基础设施建设工作，负责职工福利、后勤保障和安全保卫工作；负责车辆管理和驾驶员的安全教育工作；负责机关日常和节假日的值班管理工作；
16、负责系统内普法教育工作；
17、承办局领导交办的其他工作。

二、建设管理处
1、负责制定工程建设管理方面规章制度，落实项目法人责任制、建设监理制、招标投标制和合同管理工作，监督、管理工程建设的招投标工作；
2、负责工程建设的质量、进度、投资控制管理工作，组织编制并实施工程年度建设计划；
3、负责组织施工图设计的审查和项目后评估工作；
4、负责单项工程开工申请的报批，负责组织办理涉外行业工程施工许可工作；
5、负责工程建设中的科技推广、科技进步和技术合作的管理工作；
6、负责组织研究解决工程建设中的重大技术与质量问题；
7、负责组织工程验收工作；
8、负责工程建设期间的运行、调度及安全生产、防汛度汛、文明工地建设工作；
9、 负责应急事件处理和反恐工作，参与工程建设领域专项治理工作；
10、负责组织审查（审核）工程预备费使用建议；
11、负责《建设月报》的编制工作；
12、负责组织制定运行期间工程维修维护年度计划，负责维修维护工程项目的招投标和质量检查、验收工作；
13、承办局领导交办的其他工作。

三、拆迁安置处 （征迁安置处）
1、负责研究拟定境内南水北调工程征地、迁占、移民安置工作的政策和规章制度；
2、负责征地、迁占、移民安置项目前期审查工作；
3、负责征地移民监理、监测评估、勘测定界招标管理工作；
4、负责制订征地移民任务投资包干协议和实施计划，指导市县制订征地移民实施方案并监督实施；
5、负责协调相关部门、单位进行工程建设范围内的地质灾害评估、矿藏占压调查、使用林地评价，办理工程征地和林地使用手续；
6、负责组织审查（审核）征地移民费用的使用意见；
7、负责组织协调征地移民应诉、复议和信访工作；
8、负责征地移民和施工环境保障的督查、考核、表彰、通报的管理工作；
9、负责牵头办理专项设施迁移工作；
10、负责施工环境保障的协调工作；
11、负责配套工程征地移民业务管理工作；
12、组织、指导征地移民档案管理和验收工作；
13、参与、协调工程影响区文物保护工作；
14、承办局领导交办的其他工作。

四、水源保护处
1、负责组织制定工程水质保护规章制度并监督实施；
2、负责组织编制水质保护和水质监测方案，组织水质监测，编写水质报告；
3、负责组织落实水质保护措施，负责水污染突发事件应急处理工作；
4、负责截污导流（中水截蓄导用）工程建设的监督管理和组织协调工作；
5、负责南水北调项目区的环保、生态及水土保持工程建设管理工作；
6、参与组织编制水污染治理年度计划，参与检查环保设施运行情况；
7、承办局领导交办的其他工作。

五、计划财务处
1、负责组织工程规划、项目建议书、可行性研究报告、初步设计、设计变更及相关专项评价、论证报告的编制、审查和报批等前期工作；
2、负责工程投资预算、项目管理预算和价差报告的编制管理工作；
3、负责初步设计的招标管理工作；
4、负责工程建设项目和单位基础设施建设项目的立项申报；
5、负责建设项目年度投资计划的编制、上报和调整工作，下达投资计划并监督实施；
6、负责配套工程规划设计管理等前期工作；
7、负责工程建设资金（含调水基金、配套工程资金）的筹集、管理、使用和监督，负责国有资产的保值增值；
8、负责组织编制工程建设项目完工（竣工）决算；
9、负责部门预算的编制、执行和财务、资产管理；
10、负责会计核算、编制会计报表，提供会计信息资料；
11、负责制定内部财务会计管理工作制度，指导系统内部财务会计管理工作；
12、负责汇总、编报统计报表，编写投资计划执行情况分析报告；
13、负责系统内部审计工作，做好外审的配合工作；
14、负责调研供水水价政策，提出有关建议；负责水费的征收使用管理；
15、参与工程合同、经济合同签订和项目招标、完工（竣工）验收、后评估工作；
16、承办局领导交办的其他工作。

六、稽查处（挂质量监督站牌子）
1、贯彻执行国家和省有关工程建设稽查的方针、政策、法律、法规和规章制度，起草山东省境内南水北调工程（含配套工程和截污导流工程，下同）稽查管理的规章制度并负责落实；
2、负责制定稽查年度工作计划及工作方案，组织山东省境内南水北调工程经常性稽查工作，提出稽查报告，督促稽查整改意见的落实；
3、负责上级稽查的组织、协调和配合工作；
4、受理山东省境内南水北调工程建设管理和质量管理的举报并调查办理。
5、组织山东省境内南水北调工程质量监督工作，提出监督检查报告，督促监督检查整改意见的落实；
6、承办局领导交办的其他工作。

七、调度运行处
1、负责调度运行管理的执法和水法规的宣传工作，协调建立工程沿线执法队伍；
2、负责水量调配（供用水管理）、水资源管理等制度的制定和落实，负责调度运行方案的制定和实施；
3、负责调度运行信息系统的建设和建成后的运行维护工作；
4、负责运行管理工作检查、考核和技术培训；
5、参与在建工程的完工（竣工）验收，负责工程完工（竣工）后的运行筹备工作；
6、参与工程建设期的运行管理工作，参与制定运行期间工程维修维护年度计划；
7、参与水价政策的研究和制定工作，参与水费的征收使用管理工作；
8、承办局领导交办的其他工作。

八、纪检督查室
1、负责所属党组织、党员干部及工作人员执行党的路线、方针、政策、决议，以及遵守党章党纪和国家有关法律法规情况的监督、检查工作；
2、负责境内工程建设、征地移民、招标评标、合同执行、工程资金管理使用、人事管理、大宗物资采购等重大事项的监察工作；
3、负责惩治和预防腐败体系建设，督促各职能部门建立完善对权力运行的制约监督措施；
4、负责受理涉及党员干部违法违纪方面的群众来访来信；
5、负责调查和处理权限范围内人员违反党纪政纪案件；
6、负责督查督办局党委会、局务会、局长办公会研究确定的和其它需要督办的重要工作的贯彻落实情况；
7、负责工程建设领域专项治理工作；
8、协助局党委指导全省南水北调系统的纪检监察工作，监督监察全系统贯彻执行中央、省委重大决策部署的情况；
9、负责办理对违法违纪党员干部的处罚和处分手续；
10、参与有关制度规定的制定，负责审核涉及纪检监察方面的工作；
11、承办局党委、局领导和上级纪检机关、监察部门交办的其他工作。